ועדות הלשכה הינן הגופים המקצועיים והכוח הארגוני אשר בסיוע הנהלת הלשכה מניעים ומנתבים את פעילותה של הלשכה למטרת חבריה.
אחראית על הפעילות המקצועית מול אגפי המיסים. במסגרת פעילותה מכינה הועדה ניירת עמדה, תגובות להצעות חוק, השתתפות בדיוני ועדות הכנסת, הכנת הצעות חוק, מתן תשובות לשאלות חברים ועוד. במסגרת זו פועלים צוותים בנושאים מגוונים כגון: מענה לחוזרים והוראות ביצוע ממס הכנסה, מענה לשאלות מקצועיות לחברי הלשכה, מע"מ, ביטוח לאומי, השתלמויות, יומן יועץ המס, ניהול ספרים, שע"מ, עמותות, אתיקה, הצעות חוק, חקלאות.
אחראית על הפקת האירועים של הלשכה, הכנסים השנתיים ואירועים מיוחדים נוספים.
אחראית על ניהול המערך הכספי של הלשכה והסניפים.
אחראית על גיוס משאבים ופיתוח פרוייקטים והטבות לתועלת ורווחת חברי הלשכה.
ועדת ביקורת
מטרתה לבקר את פעילות הלשכה.
לטיפול בבעיות בין חברים ואשר מטופלים במסגרות פנימיות.
ועדות קשר חיצוניות העומדות בקשר מול שלטונות המס:
ועדת קשר למס הכנסה
לליבון בעיות מקצועיות ועקרוניות עם נציבות מס הכנסה ושיפור שירות לחברים.
ועדה משותפת לנציבות מס הכנסה, שע"מ ולשכת יועצי המס שמטרתה הוזלת עלויות, יעול המערכת ושיפור השירות למייצגים המחוברים.
עומדת בקשר שוטף עם שלטונות מע"מ לפתרון בעיות שוטפות ליבון נושאים ועוד.
פועלת לליבון נושאים שונים במוסד ולמתן פתרונות לחברי הלשכה.
לשכת יועצי המס נמצאת בקשר שוטף עם משרדי לה"ב (לשכת ארגוני העצמאים בישראל) חברי הלשכה שותפים פעילים בועדות המקצועיות של לה"ב כגון: ועדת מיסוי, ועדת כלכלה, ועדת עבודה וביטוח לאומי, ועדה מוניציפאלית, ועדה משפטית, ועדה למעמד האשה, ועדת ארגון הדרכה ורווחה.
ועדת מיתוג
הועדה פועלת לקידום ומיתוג מקצוע יועץ המס. מטפלת ביחסי ציבור והרשתות החברתיות של הלשכה.
ועדת השתלמויות מועצה
אחראית על הקשר עם מועצת יועצי המס